Oxford Nanopore
Oxford Nanopore هو جزء من مسار التعلم في Nanopore Wiki. تطور Oxford Nanopore Technologies أجهزة التسلسل بالمسام النانوية وخلايا التدفق والكيمياء والبرمجيات لتسلسل DNA وRNA في الوقت الحقيقي.
المفاهيم الأساسية
- تقرأ المنصة الإشارات الكهربائية المنتجة أثناء مرور الجزيئات عبر المسام النانوية.
- تشتمل عائلات الأجهزة على أدوات محمولة وعالية الإنتاجية.
- قد تشمل المخرجات ملفات الإشارة الخام وقراءات التسلسل المستنتجة من الإشارة والمحاذاة وتقارير التحليل.
- يعتمد الأداء على الكيمياء وجودة خلية التدفق وتحضير المكتبة ونموذج استنتاج تسلسل القواعد وإعدادات التحليل.
الأساس العلمي
- تقرأ المنصة الإشارات الكهربائية المنتجة أثناء مرور الجزيئات عبر المسام النانوية.
- تشتمل عائلات الأجهزة على أدوات محمولة وعالية الإنتاجية.
- يجب أن ترتبط التفسيرات بكميات قابلة للقياس، وضوابط تجريبية، وإعدادات تحليل موثقة.
- يجب أن تميز الادعاءات العلمية بين الملاحظات المباشرة والاستدلال النهائي.
سير عمل التسلسل النموذجي
| الخطوة | الوصف |
|---|---|
| 1 | قم بإعداد مكتبة DNA أو RNA وفقًا للمقايسة. |
| 2 | قم بتحميل المكتبة على خلية التدفق وابدأ التسلسل. |
| 3 | استنتج تسلسل القواعد من الإشارة الخام للحصول على قراءات التسلسل ودرجات الجودة. |
| 4 | تشغيل مراقبة الجودة أو المحاذاة أو التجميع أو استدعاء المتغير أو استدعاء التعديل أو التصنيف. |
التطبيقات الشائعة
- تسلسل الجينوم طويل القراءة.
- الميتاجينوميات ومراقبة مسببات الأمراض.
- علم النسخ وتسلسل الحمض النووي الريبي المباشر.
- الكشف عن المتغير الهيكلي والتعديل.
فحوصات الجودة
- سجّل المنصة ونوع المسام أو خلية التدفق والكيمياء وإعدادات الجهد أو جمع البيانات وإصدارات البرامج.
- استخدم ضوابط سلبية وإيجابية وقياسات مكررة عندما يعتمد الادعاء العلمي على النوعية.
- قم بالإبلاغ عن قيود مثل الضوضاء أو التحيز أو تدهور العينة أو عدم استقرار المسام أو التحليل المعتمد على النموذج.
- لا تعامل مواصفات البائع كبديل للتحقق من الصحة الخاص بالتطبيق.
حدود التفسير
- مقارنة النتائج بدون الكيمياء وإصدارات النماذج.
- تجاهل جودة القراءة، وعدد المسام، وإنتاجية التشغيل، وتدهور العينة.
- لا ينبغي تعميم نتيجة واحدة خارج نطاق العينة والبروتوكول وحالة الأداة وخط أنابيب التحليل المستخدم.
- تتطلب القرارات الطبية أو القانونية أو التنظيمية أو التجارية التحقق من الصحة الخاصة بالمجال بما يتجاوز هذا الملخص التعليمي.