Oxford Nanopore
Oxford Nanopore fait partie du parcours d'apprentissage Nanopore Wiki. Oxford Nanopore Technologies développe des instruments de séquençage de nanopores, des Flow Cells, des produits chimiques et des logiciels pour le séquençage de l'ADN et de l'ARN en temps réel.
Concepts fondamentaux
- La plateforme lit les signaux électriques produits lorsque les molécules traversent les nanopores.
- Les familles d'appareils comprennent des instruments portables et à plus haut débit.
- La sortie peut inclure des fichiers de signaux bruts, des lectures de base, des alignements et des rapports d'analyse.
- Les performances dépendent de la chimie, de la qualité de la Flow Cell, de la préparation de la bibliothèque, du modèle de référence et des paramètres d'analyse.
Fondements scientifiques
- La plateforme lit les signaux électriques produits lorsque les molécules traversent les nanopores.
- Les familles d'appareils comprennent des instruments portables et à plus haut débit.
- Les interprétations doivent être liées à des quantités mesurables, des contrôles expérimentaux et des paramètres d'analyse documentés.
- Les allégations doivent distinguer les observations directes de l'inférence en aval.
Flux de travail de séquençage typique
| Étape | Description |
|---|---|
| 1 | Préparer une bibliothèque d'ADN ou d'ARN selon le test. |
| 2 | Chargez la bibliothèque sur une Flow Cell et démarrez le séquençage. |
| 3 | Signal brut d'appel de base dans les lectures de séquence et les scores de qualité. |
| 4 | Exécutez le contrôle qualité, l'alignement, l'assemblage, l'appel de variantes, l'appel de modification ou la classification. |
Applications courantes
- Séquençage du génome à lecture longue.
- Métagénomique et surveillance des agents pathogènes.
- Transcriptomique et séquençage direct d'ARN.
- Détection de variantes structurelles et de modifications.
Contrôles de qualité
- Enregistrez la plate-forme, le type de pore ou de Flow Cell, la chimie, les paramètres de tension ou d'acquisition et les versions du logiciel.
- Utiliser des contrôles négatifs, des contrôles positifs et des mesures répétées lorsque l'allégation dépend de la spécificité.
- Signalez les limitations telles que le bruit, le biais, la dégradation de l'échantillon, l'instabilité des pores ou l'analyse dépendante du modèle.
- Ne traitez pas les spécifications du fournisseur comme un substitut à la validation spécifique à l'application.
Limites d'interprétation
- Comparaison des résultats sans chimie et versions de modèle.
- Ignorer la qualité de lecture, le nombre de pores, le rendement de l'analyse et la dégradation des échantillons.
- Un seul résultat ne doit pas être généralisé au-delà de l’échantillon, du protocole, de l’état de l’instrument et du pipeline d’analyse utilisé.
- Les décisions médicales, juridiques, réglementaires ou commerciales nécessitent une validation spécifique au domaine au-delà de ce résumé pédagogique.