牛津納米孔
Oxford Nanopore 是 Nanopore Wiki 學習路徑的一部分。 Oxford Nanopore Technologies 開發納米孔測序儀器、流動池、化學物質以及用於實時 DNA 和 RNA 測序的軟件。
核心概念
- 該平台讀取分子通過納米孔時產生的電信號。
- 設備家族包括便攜式和高吞吐量的儀器。
- 輸出可以包括原始信號文件、鹼基呼叫讀取、比對結果和分析報告。
- 性能取決於化學、流動池質量、文庫製備、鹼基識別模型和分析設置。
科學依據
- 該平台讀取分子通過納米孔時產生的電信號。
- 設備系列包括便攜式和更高吞吐量的儀器。
- 解釋應與可測量的數量、實驗控制和記錄的分析設置相關聯。
- 聲明應區分直接觀察和下游推斷。
典型測序工作流程
| 步驟 | 說明 |
|---|---|
| 1 | 根據測定製備 DNA 或 RNA 文庫。 |
| 2 | 將文庫加載到流動槽上並開始測序。 |
| 3 | 將原始信號 Basecall 為序列讀數和質量分數。 |
| 4 | 運行質量控制、比對、組裝、變體調用、修飾調用或分類。 |
典型應用
- 長讀長基因組測序。
- 宏基因組學和病原體監測。
- 轉錄組學和直接 RNA 測序。
- 結構變異和修飾檢測。
質量檢查
- 記錄平台、孔或流通池類型、化學成分、電壓或採集設置以及軟件版本。
- 在聲明取決於特異性的情況下，使用陰性對照、陽性對照和重複測量。
- 報告噪音、偏差、樣品降解、孔隙不穩定性或模型相關分析等限制。
- 不要將供應商規範視為特定於應用程式的驗證的替代品。
解釋的局限
- 比較沒有化學和模型版本的結果。
- 忽略讀取質量、孔數、運行產量和樣品降解。
- 單個結果不應推廣到超出所使用的樣本、協議、儀器狀態和分析流程之外。
- 醫療、法律、監管或商業決策需要超出本教育摘要的特定領域驗證。