牛津纳米孔
Oxford Nanopore 是 Nanopore Wiki 学习路径的一部分。 Oxford Nanopore Technologies 开发纳米孔测序仪器、流动池、化学物质以及用于实时 DNA 和 RNA 测序的软件。
核心概念
- 该平台读取分子通过纳米孔时产生的电信号。
- 设备家族包括便携式和高吞吐量的仪器。
- 输出可以包括原始信号文件、碱基呼叫读取、比对结果和分析报告。
- 性能取决于化学、流动池质量、文库制备、碱基识别模型和分析设置。
科学依据
- 该平台读取分子通过纳米孔时产生的电信号。
- 设备系列包括便携式和更高吞吐量的仪器。
- 解释应与可测量的数量、实验控制和记录的分析设置相关联。
- 声明应区分直接观察和下游推断。
典型测序工作流程
| 步骤 | 说明 |
|---|---|
| 1 | 根据测定制备 DNA 或 RNA 文库。 |
| 2 | 将文库加载到流动槽上并开始测序。 |
| 3 | 将原始信号 Basecall 为序列读数和质量分数。 |
| 4 | 运行质量控制、比对、组装、变体调用、修饰调用或分类。 |
典型应用
- 长读长基因组测序。
- 宏基因组学和病原体监测。
- 转录组学和直接 RNA 测序。
- 结构变异和修饰检测。
质量检查
- 记录平台、孔或流通池类型、化学成分、电压或采集设置以及软件版本。
- 在声明取决于特异性的情况下，使用阴性对照、阳性对照和重复测量。
- 报告噪音、偏差、样品降解、孔隙不稳定性或模型相关分析等限制。
- 不要将供应商规范视为特定于应用程序的验证的替代品。
解释的局限
- 比较没有化学和模型版本的结果。
- 忽略读取质量、孔数、运行产量和样品降解。
- 单个结果不应推广到超出所使用的样本、协议、仪器状态和分析流程之外。
- 医疗、法律、监管或商业决策需要超出本教育摘要的特定领域验证。