Oxford Nanopore
Oxford Nanopore является частью курса обучения Nanopore Wiki. Oxford Nanopore Technologies разрабатывает инструменты для нанопорового секвенирования, проточные ячейки, химию и программное обеспечение для секвенирования ДНК и РНК в реальном времени.
Основные понятия
- Платформа считывает электрические сигналы, возникающие при прохождении молекул через нанопоры.
- Семейства устройств включают портативные приборы и приборы с более высокой пропускной способностью.
- Результаты могут включать исходные сигналы, риды после basecalling, выравнивания и отчеты об анализе.
- Производительность зависит от химии, качества проточной ячейки, подготовки библиотеки, модели basecalling и настроек анализа.
Научные основы
- Платформа считывает электрические сигналы, возникающие при прохождении молекул через нанопоры.
- Семейства устройств включают портативные приборы и приборы с более высокой пропускной способностью.
- Интерпретации должны быть привязаны к измеримым величинам, экспериментальному контролю и документированным настройкам анализа.
- В утверждениях следует отличать прямые наблюдения от последующих выводов.
Типичный рабочий процесс секвенирования
| Шаг | Описание |
|---|---|
| 1 | Подготовьте библиотеку ДНК или РНК в соответствии с анализом. |
| 2 | Загрузите библиотеку в проточную кювету и начните секвенирование. |
| 3 | Преобразуйте исходный сигнал в риды и оценки качества с помощью basecalling. |
| 4 | Выполните контроль качества, согласование, сборку, вызов вариантов, вызов модификаций или классификацию. |
Типичные применения
- Секвенирование длинного считывания генома.
- Метагеномика и надзор за патогенами.
- Транскриптомика и прямое секвенирование РНК.
- Обнаружение структурных вариантов и модификаций.
Проверки качества
- Запишите платформу, тип пор или проточной ячейки, химический состав, напряжение или настройки сбора данных, а также версии программного обеспечения.
- Используйте отрицательные контроли, положительные контроли и повторяйте измерения, если утверждение зависит от специфичности.
- Укажите ограничения, включая шум, систематические смещения, деградацию образца, нестабильность пор и зависимость анализа от модели.
- Не рассматривайте спецификации поставщика как замену проверки для конкретного приложения.
Ограничения интерпретации
- Сравнение результатов без химического анализа и версий модели.
- Игнорирование качества считывания, количества пор, выхода анализа и деградации образца.
- Отдельный результат не следует обобщать, выходя за рамки используемого образца, протокола, состояния прибора и конвейера анализа.
- Медицинские, юридические, нормативные или коммерческие решения требуют проверки в конкретной области, выходящей за рамки данного образовательного обзора.