Puffer- und Probenzubereitung
Die Vorbereitung von Puffern und Proben ist Teil des Lernpfades von Nanopore Wiki. Die richtige Vorbereitung von Puffern und Proben steuert die Ionenstärke, den pH-Wert, den Zustand des Analyten, die Hintergrundverunreinigungen sowie die Wiederholbarkeit der Experimente.
Grundlegende Konzepte
- Die Salzkonzentration beeinflusst die Leitfähigkeit, die Abschirmungseigenschaften, die Effizienz der Speicherung von Informationen sowie die Störungen („Rauschen“).
- Veränderungen des pH-Werts beeinflussen die Ladung der Poren, die Ladung der Analyten sowie die Stabilität der Proteine.
- Beispiele für Aggregationseffekte, Degradationsprozesse, Übertragung von Lösungsmitteln sowie Verunreinigungen können die Messsignale stark beeinflussen.
- Die Datum der Vorbereitung, die Charge, die Filtrationsverfahren sowie die Lagerbedingungen sollten aufgezeichnet werden.
Vorbereitungsworkflow
| Schritt | Beschreibung |
|---|---|
| 1 | Definieren Sie die Zusammensetzung des Puffers sowie den Zielkonzentrationsbereich. |
| 2 | Vorbereiten Sie leere Kontrollgeräte sowie Musterdilutionen. |
| 3 | Überprüfen Sie die Integrität der Probe sowie das Aggregationsrisiko. |
| 4 | Erstellen Sie alle Metadaten zur Vorbereitung vor der Messung auf. |
Typische Anwendungen
- Experimente mit DNA, RNA, Proteinen, Peptiden, Partikeln sowie Nanoporen kleiner Moleküle.
- Fehlerbehebung bei Verstopfungen, Adsorption sowie inkonsistenten Ereignisraten.
- Qualitätskontrolle von Sequencing-Bibliotheken.
Häufige Fallstricke
- Die Übertragung von Speicherbedingungen („Copying buffer conditions“) zwischen Porensystemen erfolgt ohne Validierung.
- Die Auswirkungen von Trägersystemlösungen sowie der Übertragung von Salzen werden ignoriert.
- Die Verwendung hoher Konzentrationen führt zu Verstopfungen oder Überschneidungen von Ereignissen.