牛津纳米孔
Oxford Nanopore 是 Nanopore Wiki 学习路径的一部分。Oxford Nanopore Technologies 开发了纳米孔测序仪器、流动池、化学试剂和软件，用于实时 DNA 和 RNA 测序。
核心概念
- 该平台读取分子通过纳米孔时产生的电信号。
- 设备家族包括便携式和高吞吐量的仪器。
- 输出可以包括原始信号文件、碱基呼叫读取、比对结果和分析报告。
- 性能取决于化学、流动池质量、文库制备、碱基识别模型和分析设置。
典型的测序工作流程
| 步骤 | 描述 |
|---|---|
| 1 | 根据检测方法准备DNA或RNA文库。 |
| 2 | 将文库加载到流动池上并开始测序。 |
| 3 | 将原始信号转换为序列读取和质量分数。 |
| 4 | 运行质量控制、比对、组装、变异调用、修饰调用或分类。 |
典型应用
- 长读长基因组测序。
- 元基因组学和病原体监测。
- 转录组学和直接RNA测序。
- 结构变异和修饰检测。
常见的陷阱
- 比较没有化学和模型版本的结果。
- 忽略读取质量、孔数、运行产量和样本降解。
- 将研究用途作为未经验证的临床指导。