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'''Bioinformatik''' in der Nanopore-Forschung umfasst die rechnergestützten Schritte, die rohe Nanopore-Signale und -Sequenzen in interpretierbare biologische oder technische Ergebnisse umwandeln. | '''Bioinformatik''' in der Nanopore-Forschung umfasst die rechnergestützten Schritte, die rohe Nanopore-Signale und -Sequenzen in interpretierbare biologische oder technische Ergebnisse umwandeln. | ||
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* Basecalling von rohem Signal in Sequenzleseabschnitte. | * Basecalling von rohem Signal in Sequenzleseabschnitte. | ||
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* Methylierungs- und andere Modifikationsanalysen. | * Methylierungs- und andere Modifikationsanalysen. | ||
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Bioinformatikseiten sollten Toolnamen, Eingabe- und Ausgabeformate, Annahmen, häufige Fehlmodi und Links zu reproduzierbaren Workflows enthalten, soweit verfügbar. | Bioinformatikseiten sollten Toolnamen, Eingabe- und Ausgabeformate, Annahmen, häufige Fehlmodi und Links zu reproduzierbaren Workflows enthalten, soweit verfügbar. | ||
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Revision as of 10:20, 30 June 2026
Bioinformatik
Bioinformatik in der Nanopore-Forschung umfasst die rechnergestützten Schritte, die rohe Nanopore-Signale und -Sequenzen in interpretierbare biologische oder technische Ergebnisse umwandeln.
Hauptaufgaben
- Basecalling von rohem Signal in Sequenzleseabschnitte.
- Qualitätskontrolle und Filterung der Leseabschnitte.
- Abbildung der Leseabschnitte auf Referenzgenomen.
- De Novo-Genombestimmung.
- Varianteinschätzung und Analyse struktureller Varianten.
- Taxonomische Klassifizierung für Metagenomik und Erregererkennung.
- Methylierungs- und andere Modifikationsanalysen.
Hinweise für diese Wiki-Seite
Bioinformatikseiten sollten Toolnamen, Eingabe- und Ausgabeformate, Annahmen, häufige Fehlmodi und Links zu reproduzierbaren Workflows enthalten, soweit verfügbar.