Биоинформатика
Биоинформатика является частью курса обучения Nanopore Wiki. Биоинформатика нанопор преобразует необработанные сигналы и считывает их в интерпретируемые результаты последовательностей, выравнивания, сборки, вариантов, модификаций и классификации.
Основные понятия
- Определение последовательности оснований по сигналу (basecalling) преобразует исходный сигнал в последовательность и оценки качества.
- Качество чтения, распределение длины, адаптеры, загрязнение и покрытие формируют последующие результаты.
- Длинные чтения поддерживают сборку и обнаружение структурных вариантов, но по-прежнему требуют анализа с учетом качества.
- Версии модели и программного обеспечения являются частью научной документации.
Научные основы
- Определение последовательности оснований по сигналу (basecalling) преобразует исходный сигнал в последовательность и оценки качества.
- Качество чтения, распределение длины, адаптеры, загрязнение и покрытие формируют последующие результаты.
- Интерпретации должны быть привязаны к измеримым величинам, экспериментальному контролю и документированным настройкам анализа.
- В утверждениях следует отличать прямые наблюдения от последующих выводов.
Рабочий процесс данных секвенирования
| Шаг | Описание |
|---|---|
| 1 | Соберите необработанный сигнал и запустите метаданные. |
| 2 | Выполните basecalling, чтобы получить риды и оценки качества. |
| 3 | Запустите контроль качества и фильтрацию. |
| 4 | Выравнивайте, собирайте, классифицируйте, называйте варианты или обнаруживайте модификации в соответствии с вопросом. |
| 5 | Инструменты создания отчетов, версии, параметры и справочные данные. |
Типичные применения
- Сборка генома.
- Обнаружение структурных вариантов.
- Метагеномика и классификация патогенов.
- Секвенирование РНК и обнаружение модификаций.
Проверки качества
- Запишите платформу, тип пор или проточной ячейки, химический состав, напряжение или настройки сбора данных, а также версии программного обеспечения.
- Используйте отрицательные контроли, положительные контроли и повторяйте измерения, если утверждение зависит от специфичности.
- Укажите ограничения, включая шум, систематические смещения, деградацию образца, нестабильность пор и зависимость анализа от модели.
- Прежде чем интерпретировать результаты, храните лабораторные метаданные, связанные с необработанным сигналом или циклом секвенирования.
Ограничения интерпретации
- Использование конвейера без записи версий модели.
- Игнорирование загрязнения и систематической ошибки охвата.
- Отдельный результат не следует обобщать, выходя за рамки используемого образца, протокола, состояния прибора и конвейера анализа.
- Медицинские, юридические, нормативные или коммерческие решения требуют проверки в конкретной области, выходящей за рамки данного образовательного обзора.