Bioinformatik
Bioinformatik
Bioinformatik in der Nanopore-Forschung umfasst die rechnergestützten Schritte, die rohe Nanopore-Signale und -Sequenzen in interpretierbare biologische oder technische Ergebnisse umwandeln.
Hauptaufgaben
- Basecalling des rohen Signals in Sequenzleseabschnitte.
- Qualitätskontrolle und Filterung der Leseabschnitte.
- Zuordnung der Leseabschnitte zu Referenzgenomen.
- De novo Genomanalyse.
- Variante detection und Analyse struktureller Varianten.
- Taxonomische Klassifizierung für Metagenomik und Erregererkennung.
- Methylierungs- und andere Modifikationsanalysen.
Hinweise für diese Wiki
Bioinformatikseiten sollten Toolnamen, Eingabe- und Ausgabeformate, Annahmen, häufige Fehlmodi und Links zu reproduzierbaren Workflows enthalten, soweit verfügbar.