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Plataformas

From Nanopore Wiki
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Oxford Nanopore MinION portable sequencer. Source: Wikimedia Commons, CC BY-SA 4.0.

Plataformas forma parte de la ruta de aprendizaje de Nanopore Wiki. Las plataformas Nanopore van desde equipos de electrofisiología de poro único personalizados hasta instrumentos de secuenciación comerciales y chips de detección integrados.

Conceptos básicos

  • Una plataforma incluye química de poros, celda o cámara de flujo, electrónica, software y consumibles.
  • Los sistemas comerciales dan prioridad a flujos de trabajo robustos y a una alta capacidad de procesamiento (rendimiento).
  • Los equipos personalizados priorizan la flexibilidad y el control mecánico.
  • La elección de la plataforma determina los formatos de archivo, los metadatos, los controles y los procesos de análisis.

Selección de plataforma

Paso Descripción
1 Defina si el objetivo es la secuenciación, la detección, el desarrollo de métodos o la enseñanza.
2 Compare el rendimiento, la portabilidad, el costo, los consumibles y la experiencia técnica requerida.
3 Compruebe los formatos de datos y las herramientas de análisis compatibles.
4 Diseñe controles que se adapten a los modos de fallo específicos de cada plataforma.

Aplicaciones típicas

  • Secuenciación portátil.
  • Experimentos a escala de laboratorio con moléculas individuales.
  • Ingeniería de dispositivos y desarrollo de sensores.

Peligros comunes

  • Elegir un instrumento antes de definir la pregunta científica.
  • Ignorando la disponibilidad de los componentes consumibles, las versiones de los modelos y los requisitos del software.
  • Tratar las especificaciones de marketing como garantías experimentales es un enfoque que puede llevar a resultados inesperados o insatisfactorios.