Analyse de données
L'analyse de données fait partie de la voie d'apprentissage de Nanopore Wiki. L'analyse des données issues des nanopores permet d'extraire des événements, des caractéristiques et des conclusions fiables à partir des traces de courant brutes ou des résultats de séquençage.
Concepts fondamentaux
- Pour la détection, les données brutes sont souvent des tracés de la valeur actuelle en fonction du temps.
- Pour le séquençage, les données peuvent inclure des formats tels que POD5, FAST5, FASTQ, BAM, ainsi que des rapports.
- L'analyse doit préserver les caractéristiques réelles des événements tout en contrôlant le bruit, les écarts et les artefacts.
- Le contrôle de qualité doit être effectué avant et après l'extraction des fonctionnalités.
Flux de travail d'analyse
| Étape | Description |
|---|---|
| 1 | Organisez les métadonnées et les fichiers bruts. |
| 2 | Évaluer le niveau de base, le bruit (les perturbations) et les variations (le décalage par rapport au niveau de base). |
| 3 | Filtrer ou détrendre uniquement avec des paramètres documentés. |
| 4 | Déceler les événements et extraire des caractéristiques telles que la profondeur du blocage et le temps d’occupation. |
| 5 | Visualisez à la fois les traces représentatives et les statistiques démographiques. |
Applications typiques
- Détection de molécules uniques.
- Contrôle qualité de la séquençage.
- Comparaison des méthodes et résolution de problèmes.
Pièges courants
- Afficher uniquement les exemples d'empreintes attrayants.
- Modifier les seuils jusqu'à ce que les résultats attendus apparaissent.
- Publier des tableaux de fonctionnalités sans indiquer l’origine des données brutes.