MinION
MinION 是 Wiki 學習路徑的一部分。MinION 是牛津納米孔技術公司生產的一種可攜式納米孔測序設備，廣泛用於現場、教學和實驗室測序。
核心概念
- MinION 使用一次性流動池，其中包含許多納米孔通道。
- 它支持實時排序和可攜式工作流程。
- 運行成功取決於樣本質量、文庫製備、流動池狀態和軟體配置。
- 下游解釋需要適當的生物信息學和質量控制。
實用的工作流程
| 步驟 | 描述 |
|---|---|
| 1 | 檢查流動池狀態並計劃文庫輸入。 |
| 2 | 準備並加載測序文庫。 |
| 3 | 監視運行指標，如活動孔數、產量、讀長和質量。 |
| 4 | 使用已記錄的管道分析讀取。 |
典型應用
- 快速微生物和病毒測序。
- 教授長讀長測序概念。
- 欄位和資源受限的部署。
- 小基因組組裝和靶向測序。
常見陷阱
- 假設可移植性消除了對樣本質量控制的需求。
- 使用舊的 basecaller 模型而不記錄版本。
- 在實地工作流程中忽略污染和陰性對照。