MinION
MinION 是 Wiki 学习路径的一部分。MinION 是牛津纳米孔技术公司生产的一种便携式纳米孔测序设备，广泛用于现场、教学和实验室测序。
核心概念
- MinION 使用一次性流动池，其中包含许多纳米孔通道。
- 它支持实时排序和便携式工作流程。
- 运行成功取决于样本质量、文库制备、流动池状态和软件配置。
- 下游解释需要适当的生物信息学和质量控制。
实用的工作流程
| 步骤 | 描述 |
|---|---|
| 1 | 检查流动池状态并计划文库输入。 |
| 2 | 准备并加载测序文库。 |
| 3 | 监视运行指标，如活动孔数、产量、读长和质量。 |
| 4 | 使用已记录的管道分析读取。 |
典型应用
- 快速微生物和病毒测序。
- 教授长读长测序概念。
- 字段和资源受限的部署。
- 小基因组组装和靶向测序。
常见陷阱
- 假设可移植性消除了对样本质量控制的需求。
- 使用旧的 basecaller 模型而不记录版本。
- 在实地工作流程中忽略污染和阴性对照。