'''Processus de travail expérimentaux'''
Les « workflows expérimentaux » font partie de la voie d'apprentissage de Wiki. Les expériences sur les nanopores nécessitent un contrôle coordonné de la qualité de l'échantillon, de la chimie du tampon, de l'état du pore ou de la membrane, de l'enregistrement électrique, des métadonnées et de l'analyse.
Concepts fondamentaux
- Une bonne procédure opérationnelle (SOP) comprend des critères d'acceptation et une logique de dépannage, et pas seulement des étapes à suivre.
- Les contrôles vides et les lignes de base pré-exemples sont essentiels pour interpréter les événements.
- Les métadonnées doivent enregistrer la tension, le tampon (buffer), le pore (pore), l'échantillon (sample), la bande passante (bandwidth), le taux d'échantillonnage (sampling rate) ainsi que les points dans le temps (time points).
- Le jugement en temps réel empêche que de mauvaises données ne deviennent des ensembles de données trompeurs.
Processus de travail standard
| Étape | Description |
|---|---|
| 1 | Définissez l'objectif, la question, le système de pores et la plateforme. |
| 2 | Préparez des échantillons, des contrôles de référence, des contrôles vides, ainsi que l'équipement nécessaire pour l'enregistrement. |
| 3 | Vérifiez l'état de base et l'état des pores avant d'ajouter l'échantillon. |
| 4 | Enregistrez les données tout en surveillant la fréquence des événements, leur évolution (« drift ») et la stabilité des pores. |
| 5 | Conservez les données brutes, les métadonnées, les scripts ainsi que les notes relatives aux échecs. |
Applications typiques
- Détection personnalisée des nanopores.
- Préparation de la bibliothèque de séquençage et surveillance des exécutions.
- Formation des nouveaux membres du laboratoire.
Pièges courants
- Lancer des exemples sans lignes de base vides (blank baselines).
- Changer le tampon de stockage (buffer) ou la tension électrique sans en documenter les modifications.
- Conserver uniquement les traces réussies et ignorer le contexte des échecs.