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ナノポア・ウィキへようこそ

ナノポア技術、ナノポアシークエンシング、単分子センシング、バイオインフォマティクスのワークフロー、機器、および最先端研究のための知識ベースおよび科学啓発サイト。

ナノポアは、イオンや分子が膜や固体材料を通過できるナノスケールの開口部です。分子がナノポアを通過または近づくと、電流、イオンフロー、または他の測定可能な信号が変化します。これらの信号の変化は、DNA、RNA、タンパク質、小分子、および他の生物学的または化学的システムを単一分子スケールで研究するために使用できます。

Nanopore法が重要であるのは、分子イベントをリアルタイム測定と結びつけることができるからです。配列決定では、長いDNAやRNA分子が孔を通過し、配列情報に変換できる信号を生成します。センシングでは、電流の変化やその他の信号の変化が分子のサイズ、電荷、構造、結合、または化学修飾を示すことができます。

ここから始める

ナノポア技術 - 原理、ポアの種類、信号、および測定概念。
ナノポアシークエンシング - ナノポアを用いたDNAとRNAのシークエンシングの仕組み。
単分子検出 - ナノポアが個々の分子を検出する方法。
バイオインフォマティクス - ベースコール、リードマッピング、アセンブリ、バリエント、および品質管理。
用語集 - 普段使いの用語の簡潔な定義。

なぜそれが重要なのか

長いリードはリピート、構造変異、および複雑なゲノム領域を跨ぐことができます。
リアルタイム分析は、現場、臨床、および実験室設定での迅速な意思決定を支援できます。
携帯可能な機器は、大規模なシーケンシングセンターの外でもシーケンシングとセンシングを可能にします。
直接的な分子測定は、RNA、塩基修飾、または分子コンテキストに関する情報を保存することができます。

アプリケーション

公衆衛生監視と病原体ゲノミクス
臨床および感染症研究
環境DNAと生物多様性モニタリング
微生物叢とメタゲノム解析
農業、食品安全、およびバイオセキュリティ
構造変異、ゲノムアセンブリ、RNA解析、およびエピジェネティック修飾検出

ツールとワークフロー

MinION およびその他の携帯型シークエンシング機器
オックスフォード・ナノポアプラットフォームと化学的概念
生信号からシーケンスリードへのベースコールング
リードマッピング、バリアントコール、ゲノムアセンブリ、および品質管理
実験設計、メタデータ、再現性、および責任ある解釈

寄稿

Nanopore Wiki は慎重な貢献を歓迎します: 明確な定義、信頼できる情報源、再現可能な方法、および最近の研究のバランスの取れた要約。新しい進捗項目には、日付、簡潔な説明、および利用可能な情報源を含めるべきです。

サイトノート

Nanopore Wikiは、教育および知識整理のプロジェクトです。そのページは、科学コミュニケーションや一般的な技術的な参照の目的で作成されており、専門的な医療、法律、規制、または商業的な助言に代わるものではありません。

参考文献

Nanopore Wiki is a knowledge and science-outreach project. The site can host related multilingual, open-content tasks and community-maintained resources:

Glossary

Concise definitions for nanopore terms.

News and papers

Research updates, high-level papers, and technology progress.

Data and bioinformatics

Workflows for signal, reads, mapping, assembly, and variants.

Instruments and workflows

Portable sequencing devices and practical methods.

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