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File:Oxford Nanopore MinION side.jpg

Oxford Nanopore MinION portable sequencer. Source: Wikimedia Commons, CC BY-SA 4.0.

Plateformes fait partie de la voie d'apprentissage Nanopore Wiki. Les plateformes Nanopore vont des équipements électrophysiologiques personnalisés pour une seule pore aux instruments de séquençage commerciaux ainsi qu'aux puces de détection intégrées.

Concepts fondamentaux

• Une plateforme comprend la chimie des pores, la cellule ou la chambre de flux, l’électronique, le logiciel, ainsi que les consommables.
• Les systèmes commerciaux donnent la priorité à des processus de travail solides et à des débits élevés (c’est-à-dire à une grande capacité de traitement des données).
• Les équipements personnalisés privilégient la flexibilité et le contrôle mécanique.
• Le choix de la plateforme détermine les formats de fichiers, les métadonnées, les fonctionnalités de contrôle ainsi que les processus d’analyse.

Sélection de la plateforme

Étape	Description
1	Définir si l'objectif est la séquenciation, la détection, le développement de méthodes ou l'enseignement.
2	Comparez le débit de traitement (throughput), la portabilité, le coût, les consommables et les compétences requises.
3	Vérifiez les formats de données et les outils d'analyse pris en charge.
4	Concevoir des mécanismes de contrôle adaptés aux modes de défaillance spécifiques à chaque plateforme.

Applications typiques

• Séquençage portable.
• Expériences à l'échelle de laboratoire sur des molécules individuelles.
• Ingénierie des dispositifs et développement de capteurs.

Pièges courants

• Choisir un instrument avant de définir la question scientifique.
• Ignorer la disponibilité des produits consommables, les versions des modèles et les exigences logicielles.
• Traiter les spécifications marketing comme des garanties expérimentales.

Pages liées

• Oxford Nanopore
• MinION
• Séquençage par nanopores
• Processus de travail expérimentaux

Références

• Oxford Nanopore Technologies
• MinION