Nanopore sequencing/fr - Revision history

Nano: Machine translation from en via nanopore-translate

2026-07-15T00:44:39Z

Machine translation from en via nanopore-translate

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	* Oxford Nanopore Technologies. [https://github.com/nanoporetech/dorado L'outil basecaller Dorado et les outils connexes].		* Oxford Nanopore Technologies. [https://github.com/nanoporetech/dorado L'outil basecaller Dorado et les outils connexes].

	~~<div lang~~=~~"en" dir~~=~~"ltr" class="mw-content-ltr">~~		== Pages liées ==
	~~== Related pages~~ ==		* [[Nanopore technology\|Technologie des nanopores]]
	* [[Nanopore technology]]		* [[Oxford Nanopore\|Oxford Nanopore]]
	* [[Oxford Nanopore]]		* [[MinION\|MinION]]
	* [[MinION]]		* [[Bioinformatics\|Bioinformatique]]
	* [[Bioinformatics]]		* [[Machine learning\|Apprentissage automatique]]
	* [[Machine learning]]		* [[Data analysis\|Analyse de données]]
	* [[Data analysis]]		* [[Event detection\|Détection d'événements]]
	* [[Event detection]]		* [[Glossary\|Glossaire]]
	* [[Glossary]]
	~~</div>~~

	<languages />		<languages />

Nano: Machine translation from en via nanopore-translate

2026-07-14T17:21:03Z

Machine translation from en via nanopore-translate

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	Les données brutes et traitées provenant des nanopores peuvent comprendre des fichiers de signalisation POD5 ou FAST5, des lectures FASTQ, des alignements BAM ou CRAM, des fichiers de résumé de séquençage, des étiquettes de bases modifiées, ainsi que des rapports d'exécution. Une bonne pratique d'analyse indique l'instrument utilisé, la cellule de flux, les réactifs chimiques, le kit utilisé, le logiciel de détection des bases, la version du modèle, la base de données de référence, et les paramètres de la ligne de commande.		Les données brutes et traitées provenant des nanopores peuvent comprendre des fichiers de signalisation POD5 ou FAST5, des lectures FASTQ, des alignements BAM ou CRAM, des fichiers de résumé de séquençage, des étiquettes de bases modifiées, ainsi que des rapports d'exécution. Une bonne pratique d'analyse indique l'instrument utilisé, la cellule de flux, les réactifs chimiques, le kit utilisé, le logiciel de détection des bases, la version du modèle, la base de données de référence, et les paramètres de la ligne de commande.

	~~<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">~~		== '''Bonnes pratiques''' ==
	== ~~Good practice~~ ==		* Correspondre au protocole à la question biologique avant d'optimiser le rendement.
	* ~~Match the protocol to the biological~~ question ~~before optimizing yield~~.		* Utilisez des contrôles pour séparer les effets liés à la bibliothèque, aux pores, aux échantillons et aux analyses.
	* ~~Use controls to separate library, pore~~, ~~sample~~, ~~and analysis effects~~.		* Indiquez les données de chimie, le nom de l'application utilisée pour l'appel de base (basecaller), la version du modèle, ainsi que les paramètres d'analyse.
	* ~~Report chemistry~~, basecaller, ~~model~~ version, ~~and analysis parameters~~.		* Examinez à la fois les lectures représentatives des données et les statistiques globales.
	* ~~Inspect both representative reads and aggregate statistics~~.		* Vérifiez les conclusions à fort impact en utilisant des preuves indépendantes lorsque c'est possible.
	* ~~Validate high-~~impact ~~conclusions with independent evidence when~~ possible.
	~~</div>~~

	== Articles et ressources sélectionnés ==		== Articles et ressources sélectionnés ==

Nano: Machine translation from en via nanopore-translate

2026-07-14T13:45:04Z

Machine translation from en via nanopore-translate

← Older revision		Revision as of 21:45, 14 July 2026
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	* Besoin de contrôles rigoureux dans des environnements cliniques, réglementaires ou à fort enjeu.		* Besoin de contrôles rigoureux dans des environnements cliniques, réglementaires ou à fort enjeu.

	~~<div class~~=~~"mw-translate-fuzzy">~~		== Applications ==
	* ~~[[Oxford Nanopore]]~~		* '''Assemblage du génome''' – Les séquences longues aident à résoudre les problèmes de répétitions et de complexité structurelle.
	* ~~[[MinION]]~~		* '''Variation structurelle''' – Les textes longs peuvent comporter des insertions, des suppressions, des inversions, des translocations, ainsi que des répétitions et des expansions.
	* ~~[[Bioinformatics\|Bioinformatique]]~~		* '''Génomique microbienne''' – identification rapide, analyse de la résistance aux antimicrobiens, reconstruction de plasmides et suivi des épidémies.
	* ~~[[Glossary\|Glossaire]]~~		* '''Métagénomique et ADN environnemental''' – classification en temps réel de échantillons mixtes, avec un contrôle rigoureux de la contamination.
	~~</div>~~		* '''Transcriptomique et ARN direct''' – Informations au niveau des isoformes ainsi que signaux de modification de l'ARN dans des workflows sélectionnés.
			* '''Épigénétique et modifications de l'ADN''' – détection de la méthylation et d'autres modifications lorsque des modèles et des groupes de contrôle sont appropriés.
			* '''Échantillonnage adaptatif''' – Enrichissement ou appauvrissement en temps réel des cibles en fonction de la décision de poursuivre ou non le séquençage d'une molécule.

	~~<div lang~~=~~"en" dir~~=~~"ltr" class="mw-content-ltr">~~		== Données et types de fichiers ==
	~~== Data and file~~ types ==		Les données brutes et traitées provenant des nanopores peuvent comprendre des fichiers de signalisation POD5 ou FAST5, des lectures FASTQ, des alignements BAM ou CRAM, des fichiers de résumé de séquençage, des étiquettes de bases modifiées, ainsi que des rapports d'exécution. Une bonne pratique d'analyse indique l'instrument utilisé, la cellule de flux, les réactifs chimiques, le kit utilisé, le logiciel de détection des bases, la version du modèle, la base de données de référence, et les paramètres de la ligne de commande.
	~~Raw and processed nanopore data may include~~ POD5 or FAST5 ~~signal files~~, FASTQ ~~reads~~, BAM or CRAM ~~alignments~~, ~~sequencing-summary files~~, ~~modified-base tags~~, ~~and run reports~~. ~~Good analysis practice records the~~ instrument, ~~flow cell~~, ~~chemistry~~, kit, ~~basecaller~~, ~~model~~ version, ~~reference database~~, ~~and command-line parameters~~.
	~~</div>~~

	<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
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	</div>		</div>

	~~<div lang~~=~~"en" dir~~=~~"ltr" class="mw-content-ltr">~~		== Articles et ressources sélectionnés ==
	~~== Selected papers and resources~~ ==		* Deamer D, Akeson M, Branton D. « Trois décennies de séquençage par nanopores ». Nature Biotechnology, 2016.
	* Deamer D, Akeson M, Branton D. ~~[https://www.nature~~.~~com/articles/nbt.3423 Three decades of nanopore sequencing]. ''~~Nature Biotechnology~~''.~~ 2016.		* Jain M et al. « Séquençage du génome humain à l’aide de nanopores et assemblage du génome humain à partir de lectures ultra-longues ». Nature Biotechnology, 2018.
	* Jain M et al. ~~[https://www.nature.com/articles/nbt.4060 Nanopore sequencing and assembly of a human genome with~~ ultra-~~long reads]~~. ''Nature Biotechnology~~''.~~ 2018.		* Wick RR, Judd LM, Holt KE. « Performance of basiccalling tools based on neural networks for sequencing using Oxford Nanopore ». Genome Biology, 2019.
	* Wick RR, Judd LM, Holt KE. ~~[https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1727-y~~ Performance of neural ~~network basecalling tools~~ for Oxford Nanopore ~~sequencing]~~. ''Genome Biology~~''.~~ 2019.		* Wang Y et al. « Technologie de séquençage par nanopores, bioinformatique et applications ». Nature Biotechnology, 2021.
	* Wang Y et al. ~~[https://www.nature.com/articles/s41587-021-01108-x Nanopore sequencing technology~~, ~~bioinformatics and~~ applications]. ''Nature Biotechnology~~''.~~ 2021.		* Kovaka S et al. « Séquençage de nanopores ciblés par cartographie en temps réel du signal électrique brut, utilisant la méthode UNCALLED ». Nature Biotechnology, 2021.
	* Kovaka S et al. ~~[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0731-9 Targeted nanopore sequencing by real-time mapping of raw electrical~~ signal ~~with~~ UNCALLED]. ''Nature Biotechnology~~''.~~ 2021.		* Oxford Nanopore Technologies. [https://github.com/nanoporetech/dorado L'outil basecaller Dorado et les outils connexes].
	* Oxford Nanopore Technologies. [https://github.com/nanoporetech/dorado Dorado ~~basecaller and related tools~~].
	~~</div>~~

	<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">

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2026-07-14T13:37:50Z

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-<span id="Nanopore_sequencing"></span>
+__NOTOC__
 = Séquençage par nanopores =
-'''Séquençage par nanopores''' est une approche de séquençage dans laquelle des molécules d'ADN ou d'ARN individuelles passent à travers des nanopores et produisent des changements de signal qui peuvent être interprétés comme des informations de séquence.
+La valeur scientifique du séquençage par nanopores provient de quatre propriétés essentielles : des lectures de longueur importante des séquences, une acquisition en temps réel, une détection électrique directe des modifications des séquences, et un équipement portable. Ces caractéristiques en font un outil très utile pour l’assemblage des génomes, l’analyse des variantes structurelles, la surveillance des micro-organismes, la réponse aux épidémies, le séquençage de l’environnement, la transcriptomique, ainsi que la détection directe de certaines modifications des nucléotides.
-<span id="Features"></span>
+== Principe ==
-== Caractéristiques ==
+Une mesure de séquençage par nanopore comporte trois couches liées entre elles :
-* Des lectures longues qui peuvent aider à l'assemblage du génome et à la détection des variants structurels.
+Un seul niveau actuel n’est généralement pas attribué à une base isolée. Le signal mesuré dépend du contexte de séquence local, de la chimie des pores, de la vitesse du moteur, de la température, du tampon utilisé, de l’électronique, ainsi que de la version du modèle. C’est pourquoi l’identification des bases (basecalling) et la détection des bases modifiées sont des tâches basées sur des modèles, et non des simples tableaux de référence.
-<span id="Common_workflow"></span>
+== Chemin de travail allant de l'échantillon au résultat ==
-== Flux de travail courant ==
+{| class="wikitable np-knowledge-table"
-# Préparation de l'échantillon et construction de la bibliothèque.
+== '''Atouts''' ==
-# Séquençage sur un dispositif à nanopores.
+* Les « longs textes » peuvent couvrir des répétitions, des variantes structurelles, des haplotypes, des plasmides, ainsi que des régions génomiques complexes.
-# Conversion du signal brut en séquence de nucléotides (basecalling).
+* La '''séquençage en temps réel''' permet une analyse pendant l'exécution des procédures et facilite la prise de décisions rapides.
-# Contrôle qualité et filtrage.
+* La « détection directe » peut conserver des informations sur certaines modifications de l'ADN ou de l'ARN.
-# Alignement, assemblage, détection de variants ou classification métagenomique.
+* Les instruments portables rendent possibles les travaux sur le terrain, l'enseignement ainsi que les activités dans des environnements à faible infrastructure.
-# Interprétation et rapport.
+* La « capacité de traitement flexible » (flexible throughput) permet de mener des analyses de petite envergure ciblées, ainsi que des projets à l’échelle du génome.
-<span id="Related_pages"></span>
+== '''Limitations et sources d'erreurs''' ==
-== Pages connexes ==
+Le séquençage par nanopores ne devrait pas être considéré comme automatiquement supérieur au séquençage à lecture courte. Sa pertinence dépend de la question étudiée, de l'échantillon utilisé, de la précision requise, des coûts et du pipeline d'analyse. Parmi les limites importantes, on peut citer :
 * [[Oxford Nanopore]]
 * [[MinION]]
 * [[Bioinformatics|Bioinformatique]]
 * [[Glossary|Glossaire]]
 <languages />

Nano: Fix translated wiki link targets

2026-06-30T03:13:57Z

Fix translated wiki link targets

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	* [[Oxford Nanopore]]		* [[Oxford Nanopore]]
	* [[MinION]]		* [[MinION]]
	* [[Bioinformatique]]		* [[Bioinformatics\|Bioinformatique]]
	* [[Glossaire]]		* [[Glossary\|Glossaire]]

	<languages />		<languages />

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2026-06-29T04:25:11Z

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	<~~div lang~~="~~en" dir="ltr" class="mw-content-ltr~~">		<span id="Nanopore_sequencing"></span>
	= ~~Nanopore sequencing~~ =		= Séquençage par nanopores =
	~~</div>~~

	~~<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">~~		'''Séquençage par nanopores''' est une approche de séquençage dans laquelle des molécules d'ADN ou d'ARN individuelles passent à travers des nanopores et produisent des changements de signal qui peuvent être interprétés comme des informations de séquence.
	'''~~Nanopore sequencing~~''' ~~is a sequencing approach in which individual DNA or RNA molecules pass through~~ nanopores ~~and produce~~ signal ~~changes that can be interpreted as sequence information~~.
	~~</div>~~

	<~~div lang~~="~~en" dir="ltr" class="mw-content-ltr~~">		<span id="Features"></span>
	== ~~Features~~ ==		== Caractéristiques ==
	~~</div>~~

	~~<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">~~		* Des lectures longues qui peuvent aider à l'assemblage du génome et à la détection des variants structurels.
	* ~~Long reads that can help with genome assembly and structural variant detection~~.		* Génération et analyse de données en temps réel.
	* ~~Real-time data generation and analysis~~.		* Sensation directe de l'ADN ou de l'ARN dans de nombreux workflows.
	* ~~Direct DNA or RNA sensing in many~~ workflows.		* Instruments portables adaptés aux situations de terrain et de réponse rapide.
	* ~~Portable instruments suitable for field and rapid-response settings~~.
	~~</div>~~

	<~~div lang~~="~~en" dir="ltr" class="mw-content-ltr~~">		<span id="Common_workflow"></span>
	== ~~Common workflow~~ ==		== Flux de travail courant ==
	~~</div>~~

	~~<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">~~		# Préparation de l'échantillon et construction de la bibliothèque.
	# ~~Sample preparation and library~~ construction.		# Séquençage sur un dispositif à nanopores.
	# ~~Sequencing on a nanopore device~~.		# Conversion du signal brut en séquence de nucléotides (basecalling).
	# ~~Basecalling from raw~~ signal ~~to nucleotide sequence~~.		# Contrôle qualité et filtrage.
	# ~~Quality control and filtering~~.		# Alignement, assemblage, détection de variants ou classification métagenomique.
	# ~~Alignment~~, ~~assembly~~, ~~variant calling, or metagenomic~~ classification.		# Interprétation et rapport.
	# ~~Interpretation and reporting~~.
	~~</div>~~

	<~~div lang~~="~~en" dir="ltr" class="mw-content-ltr~~">		<span id="Related_pages"></span>
	== ~~Related pages~~ ==		== Pages connexes ==
	~~</div>~~

	~~<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">~~
	* [[Oxford Nanopore]]		* [[Oxford Nanopore]]
	* [[MinION]]		* [[MinION]]
	* [[~~Bioinformatics~~]]		* [[Bioinformatique]]
	* [[~~Glossary~~]]		* [[Glossaire]]
	~~</div>~~

	<languages />		<languages />

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2026-06-28T15:39:43Z

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	<div class="~~plainlinks~~">~~'''Languages:''' [[~~Nanopore sequencing~~\|English]] \| [[Nanopore sequencing/zh\|中文]] \| [[Nanopore sequencing/es\|español]] \| [[Nanopore sequencing/fr\|français]] \| [[Nanopore sequencing/de\|Deutsch]] \| [[Nanopore sequencing/ja\|日本語]]~~</div>		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
			= Nanopore sequencing =
			</div>

	= ~~Séquençage par~~ nanopores =		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
			'''Nanopore sequencing''' is a sequencing approach in which individual DNA or RNA molecules pass through nanopores and produce signal changes that can be interpreted as sequence information.
			</div>

	'''Séquençage par nanopores''' est une approche de séquençage dans laquelle des molécules d'ADN ou d'ARN individuelles passent à travers des nanopores et produisent des changements de signal qui peuvent être interprétés comme des informations de séquence.		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
			== Features ==
			</div>

	== ~~Caractéristiques =~~=		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
			* Long reads that can help with genome assembly and structural variant detection.
			* Real-time data generation and analysis.
			* Direct DNA or RNA sensing in many workflows.
			* Portable instruments suitable for field and rapid-response settings.
			</div>

	* Des lectures longues qui peuvent aider à l'assemblage du génome et à la détection des variants structurels.		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
	* Génération et analyse de données en ~~temps réel.~~		== Common workflow ==
	* Sensation directe de l'ADN ou de l'ARN dans de nombreux flux de travail.		</div>
	* Instruments portables adaptés aux paramètres de terrain et de réponse rapide.

	== ~~Flux de travail courant =~~=		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
			# Sample preparation and library construction.
			# Sequencing on a nanopore device.
			# Basecalling from raw signal to nucleotide sequence.
			# Quality control and filtering.
			# Alignment, assembly, variant calling, or metagenomic classification.
			# Interpretation and reporting.
			</div>

	~~# Préparation de l'échantillon et construction de la bibliothèque.~~		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
	~~# Séquençage sur un dispositif à nanopores.~~		== Related pages ==
	~~# Conversion des signaux bruts~~ en ~~séquence de nucléotides (basecalling).~~		</div>
	~~# Contrôle qualité et filtrage.~~
	~~# Alignement, assemblage, appel de variants ou classification métagenomique.~~
	~~# Interprétation et rapport.~~

	== ~~Pages connexes =~~=		<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
			* [[Oxford Nanopore]]
			* [[MinION]]
			* [[Bioinformatics]]
			* [[Glossary]]
			</div>

	* [[Oxford Nanopore\|Oxford Nanopore]]		<languages />
	* [[MinION\|MinION]]
	* [[Bioinformatique]]
	* [[Glossaire]]

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= Séquençage par nanopores =

'''Séquençage par nanopores''' est une approche de séquençage dans laquelle des molécules d'ADN ou d'ARN individuelles passent à travers des nanopores et produisent des changements de signal qui peuvent être interprétés comme des informations de séquence.

== Caractéristiques ==

* Des lectures longues qui peuvent aider à l'assemblage du génome et à la détection des variants structurels.
* Génération et analyse de données en temps réel.
* Sensation directe de l'ADN ou de l'ARN dans de nombreux flux de travail.
* Instruments portables adaptés aux paramètres de terrain et de réponse rapide.

== Flux de travail courant ==

# Préparation de l'échantillon et construction de la bibliothèque.
# Séquençage sur un dispositif à nanopores.
# Conversion des signaux bruts en séquence de nucléotides (basecalling).
# Contrôle qualité et filtrage.
# Alignement, assemblage, appel de variants ou classification métagenomique.
# Interprétation et rapport.

== Pages connexes ==

* [[Oxford Nanopore]]
* [[MinION]]
* [[Bioinformatique]]
* [[Glossaire]]